Nel 1946 si presentò alle elezioni presidenziali, ma le divisioni all’ interno del partito liberale diedero la vittoria al conservatore Mariano Ospina Pèrez, che inaugurò un periodo di dure rappresaglie contro i contadini e liberali.
Il 9 aprile 1948 nel centro di Bogotà lo assassinarono. La sua morte provocò un enorme reazione popolare che distrusse il centro della capitale. Il presunto assassino fu seguito dalla gente presente in quel momento, lo linciarono e trascinarono fino al palazzo presidenziale, dove lasciarono il corpo distrutto, senza vita e nudo... altre fonti dicono che venne anche crocifisso. Però per la gente il vero colpevole era il presidente. La folla si rigetto sulle strade e quel giorno iniziarono i saccheggi e gli incendi, cominciò una rivolta popolare che voleva le dimissioni (più probabilmente la morte) del presidente conservatore Pèrez. All’inizio la polizia cercava di riprendere il controllo, poi molti poliziotti e militari si unirono alla rivolta, anche distribuendo armi, mentre altri aprirono il fuoco sui manifestanti. I cecchini impedirono l’entrata dei manifestanti al palazzo presidenziale. Cinque carro armati entrarono nella piazza, la folla credeva che appoggiassero la causa, ma una volta arrivati davanti al palazzo presidenziale girarono i cannoni e cominciarono a bombardare sulla moltitudine. La folla si disperse distruggendo tutto ciò che incontrava e che simbolizzava l’assassinio di Gaitan. 103 edifici furono distrutti, tra cui il palazzo di giustizia, il palazzo arcivescovile e il ministero del governo, chiese, scuole, negozi, magazzini e case. Le strade coperte di macerie. I tram (che erano un simbolo di Bogotà) tutti incendiati e dopo sparirono per sempre dal paesaggio urbano. Il 15 aprile, quando le forze governative ripresero il controllo alcuni edifici erano ancora in fiamme.
Il 16 plaza Bolivar evocava immagini da seconda guerra mondiale e i cadaveri nei cimiteri erano accatastati prima di esser sepolti in fosse comuni.
Y la muerte del pueblo fue como siempre ha sido:
como si no muriera nadie, nada,
como si fueran piedras las que caen sobre la tierra,
o agua sobre el agua.
(Pablo Neruda)